La estructura de gobierno de JAHEE JA garantiza una gestión coordinada de este JA y su impacto máximo en las políticas que deben adoptar los Estados miembros. Los niveles de gestión estratégica, ejecutiva y operativa se encuentran dentro de los tres principales órganos de toma de decisiones dentro del Consorcio. A saber: la Asamblea General, el Comité Directivo y el Coordinador de Acción.
El asesoramiento externo se establecerá durante el proceso de implementación. Actualmente, solo el Panel de expertos (Expert Panel) está operativo.